Hola saghor, bienvenido al foro.

En principio, la opción de restaurar todo el sistema lo que hace es no solo restaurar el sistema operativo y las aplicaiones de fábrica, sino también las posibles particiones del disco duro a sus tamaños originales o restaurarlas si las hubieses borrado. Esta opción es más  lenta y se aconseja para situaciones muy drásticas.

Lo más recomendable casi siempre es restaurar c, es más rápido y toca para nada las otras particiones.

También depende de si has creado o eliminado particiones y que problemas quieras subsanar.

Espero haberte ayudado.

Un saludo.